Ao selecionar um item no Fluxo de Caixa - Contas a Pagar, pressione com  o botão direito do mouse e selecione a opção Liquidar, será executada a função Liquidar Contas a Pagar com os dados cadastrados para a negociação em questão:

A princípio a forma de pagamento já foi cadastrada quando o item foi lançado, nesse caso é só conferir e confirmar a liquidação.

Caso tenha alguma Diferença que precise ser acertada, faça o acerto e confirme a liquidação. Observe o exemplo abaixo: